“工欲善其事，必先利其器”当然说的很好，行军打仗，选择一件称手的兵器自然是上阵的前提。作为科研工作者，我们怎么做文献调研？怎么阅读和管理文献？怎么更加高效的设计和实施实验？如何快速完成论文写作中语言润色、画图、编辑公式等等都是费时费力的工作等等。作为计算机科学方向科研小白的我刚入门时，自己摸索文献调研、实验记录、论文写作等等走了不少弯路，很多时候一问老师同学或者上网找经验，原来有捷径啊？原来不需要一个个手动操作？由此便有了这一篇博客，记录和分享科研经历中的一些有意思的工具。
开题的时候想快速调研一个领域？有了 idea 想快速找到相关文献？灵感枯竭想找点有意思的 paper？别急，这里都有。
| 工具/网站 | 特点 | |
|---|---|---|
| 搜索引擎 | Google/Edge | 信息丰富。一些相关博客、开源repo等也会列出 |
| 插件 Scihub addon，SangerboxNote，Easyscholar | 装上插件的浏览器直接如虎添翼，这几个插件显示论文期刊分区、IF、学科分类，帮我们方便快速定位当前文章质量 | |
| 学术网站 | Google scholar | 查找文献的首选，论文质量比较好，还有一些社交订阅等功能，但是文章更新稍有延迟 |
| Semantic scholar | 支持语义搜索，文献更新较快 | |
| Web of Science | 资源丰富，非免费 | |
| 中国知网 | 除此之外的万方、维普维普等对中文文献非常友好 | |
| 工具 | 关联文献：Connected paper & Research rabbit & litmaps | 利用这两个工具，给定一篇paper，迅速找到相关的paper，标记时间和引用，快速找到该领域的大牛和重要paper |
| 领域调研：Paper digest & aminer |
利用LLM，输入领域描述可以帮助写一个简单review,列出related paper.还可以提问（指定会议），比如快速消化ICLR 2024的热点paper，方向。并且aminer 支持按期刊水平等进行检索，可以根据排名方便找到该领域的重要paper、大牛以及新星，侧重AI领域的paper | |
| 其他： Research gate | 学术圈的facebook | |
| 下载 | 期刊官网 | 直接检索，进入官网下载 |
| Arxiv |
一个收集物理学、数学、计算机科学、生物学与数理经济学的论文预印本的网站 | |
| Scihub | 懂的都懂 | |
| Anna’s Archive | 电子书pdf，资源丰富 | |
| 科研通 | 各种网站入口集锦 |
找到了相关的 paper，如何快速阅读？如何更加高效的管理文献？问题接踵而来，下面则是应对之策。
| 工具/网站 | 特点 | |
|---|---|---|
| LLM支持工具网站： chatpdf & txyz.ai &chatgpt & claude |
LLM驱动的文献快速阅读工具，通过上传pdf或者url等，帮你快速总结文献核心要点。 | |
| 笔记：Notion & 飞书 | 两个工具排版非常方便，支持多人协作文档编辑，还可以方便导出各种文件格式如docx、pdf、markdown、latex等格式 | |
| 管理 | Endnote | 文献管理，方便和word结合起来管理引用，教程比较全面，缺点是付费 |
| Zotero | 开源，但是对中文文献不是特别友好 | |
| 集成式工具 | ivysci | 强推，集成搜索、下载、阅读、笔记、管理甚至写作等功能 |
计算机相关专业的从业者，往往需要大量与 GPU、conda、服务器、git 等名词后面的东西打交道，本节列举一些实验中常用脚本，方便使用。
# 信息配置
git config --global user.email "XXX@email.com"
git config --global user.name "NAME"这个错误通常是因为你没有在本地设置 SSH 密钥，或者你的 SSH 密钥没有添加到 GitHub 的 SSH 密钥列表中。你可以按照以下步骤来解决这个问题：
ls -al ~/.ssh #查看你是否已经有一个 SSH 密钥。id_rsa.pub 或者 id_ed25519.pub 等文件出现表示已存在 SSH 密钥
ssh-keygen -t ed25519 -C "your_email@example.com" #若没有，创建一个新的 SSH 密钥
eval "$(ssh-agent -s)" #确保 ssh-agent 是在后台运行的
ssh-add ~/.ssh/id_ed25519 # 将 SSH 私钥添加到 ssh-agent
cat ~/.ssh/id_ed25519.pub # 复制输出。接着，打开 GitHub 网站，点击右上角的头像然后选择"Settings"，在左侧选择"SSH and GPG keys"，点击"New SSH key"，在"Key"字段中粘贴你刚刚复制的公钥。conda create -n NAME python=3.6.1 # 创建开发环境
pip list --format=freeze >requirement.txt #pip 导出配置文件
pis install -r requirement.txt
conda env export --no-builds > environment.yml
conda env create -f environment.ymlsource /opt/conda/bin/activate #可能需要激活 conda
conda activate ENV_NAME
python XXX.py
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1; python XXX.py #指定 GPU 运行# rsync 文件下载
rsync -avz --progress -e ssh YOUR_NAME@0.0.0.0:/mnt/inaisfs/user-fs/YOUR_SOURCE_PATH/ YOUR_TARGET_PATH/ #可以仿照在实验室服务器终端运行这个下载 #文件压缩
tar -czvf example.tar.gz example.txt
tar -xzvf example.tar.gz #解压到当前文件夹tmux（防止ssh连接断开，提交的任务被终止）
tmux new -s $session_name #创建并指定session名字
tmux a -t $session_name #进入已存在的session
tmux ls #列出session
tmux kill-session -t $session_name #删除指定sessionnvidia-smi #查看 GPU 使用情况
jupyter nbconvert --to python NOTEBOOK.ipynb #将 ipynb 文件转换为 py 文件虽然传言最强大的程序员使用文本编辑器编程，做到无剑胜有剑，初出茅庐的小白还是拘泥于器，下面则是我最喜欢的两个 IDE，足以胜任所有编程工作。
| 工具/网站 | 特点 | |
|---|---|---|
| VS code | git相关插件 | Git History ：git diff功能，对比编辑历史，可视化更加方便、明显，并且在编辑的时候自动标记更改方便跟踪实时code修改 |
| Gitlens：显示每一行的编辑历史,提示未commit的修改等 | ||
| code相关 | copilot：LLM驱动的编程助手，教育学生认证后免费 | |
| ChatGPT: copilot的替补，LLM辅助解释程序和处理bug | ||
| 其他 | Path Intellisense（文件路径补全）& Image preview（图片预览）& Vscode-pdf & Docx/ODT Viewer & file-size | |
| 文件工具 | Final shell | ssh链接后，上传和下载文件比较方便稳定，也自带编辑器编写简单的文本。 |
一个项目往往要做很多实验，需要调各种参数记录结果方便对比，下面分享一些实验记录的工具。
| 工具/网站 | 特点 | |
|---|---|---|
| 工具 | 飞书 & Notion | 方便协作和展示 |
| 机器学习学习强相关 |
tensorboard | TensorFlow的官方可视化工具，与TensorFlow紧密集成，免费且开源，支持多种数据可视化类型，如标量、图像、音频、计算图等。 功能相对基础，主要针对Tensorflow架构 |
| wandb |
云端服务，方便远程访问实验数据，支持大量的机器学习框架，强大的可视化和报告生成功能，实时监控实验状态，以及与团队成员共享实验结果的功能。 需要联网，免费版存储空间和功能有限 |
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| MLflow | 开源且支持多种机器学习框架，提供了实验跟踪、模型打包、模型服务部署等全套机器学习生命周期管理功能，可以部署在本地或云端，灵活性高。 相比WandB和TensorBoard，社区支持和用户基础较小，配置和使用相对复杂。 |
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| Comet.ml | 提供实验跟踪、参数优化等功能，强大的可视化工具和云端存储，支持代码版本控制和实验比较。 免费版本功能有限，完整功能需要付费,需要联网。 |
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| ClearML | 提供了一个端到端的MLOps平台，支持实验跟踪、数据管理、模型部署等。强大的自动化机器学习流程，支持云端和本地部署。 对于初学者来说，功能丰富可能导致上手难度较高，企业级功能需要付费。 |
论文的写作问题令很多人头疼不已，无论是排版、文法、画图等等，都是一个个棘手的挑战。可能是繁琐的低脑力重复工作，可能是文法上当局者迷，也可能是画图是感叹艺术细胞缺失，下面是一些工具帮助解决这些问题。
| 工具/网站 | 特点 | |
|---|---|---|
| 文本 | overleaf | 在线latex开发工具，支持多人协作 |
| word | 质朴万能工具 | |
| 公式 | 在线LaTeX公式编辑 | 在线公式编辑，方便预览和导出，notion也可以方便导出 |
| 在线表格转换工具 | 在线表格转化 | |
| Mathpix snip | 扣其他论文的公式，也可以使用GPT4 | |
| 表格 | 在线生成表格 | 在线表格生成编辑，方便导出latex、markdown、html等格式 |
| 图 | 示意图： PPT & Visio & origin |
方便快捷，支持多种模版，方便展示 |
| 数据图： Python & Matlab |
方便自己调试，自由度高 | |
| PPT素材： ML 相关 |
套用一些PPT模版或者素材，减少重复性劳动 | |
| 其他 |
语法：Grammarly | 支持边写边结错，可设置全局使用 |
| 润色：ChatGPT | 注意辨别用词，LLM此处倾向使用高级词汇 |
一些其他工具科研生活中也必不可少，如文件格式转换、文件查找等，持续更新中……
| 工具/网站 | 特点 | |
|---|---|---|
| 文件 |
Convertio | 在线免费网站，支持多种文件格式相互转换 |
| Everything | 本地文件查找 | |
| 笔记 | xmind | 热门思维导图软件，笔记和展示都非常方便美观 |
| 其他 | Autothink插件 | outlook插件，自动根据来信回复邮件 |